Если пользователем root поставить права папке
chmod -R 777 folder_name
то с её удалением проблем возникнуть не должно. Вот таким макаром примерно
rm -Rf folder_name
Проблемы могли например возникнуть, если ты пытался удалить непустую папку каким-либо ftp-клиентом, который [по умолчанию] не удаляет [рекурсивно] непустую папку, или если в данный момент какой-либо другой процесс пользуется файлами оттуда, например, другой ftp клиент "смотрит внутрь её" или на боксе включен файловый режим и ты опять же находишся внутри этой папки.
Вывод - перед удалениемзавершить работу со всеми клиентами, перевести энигму врежим ТВ.
P.S. Да, сделай для разнообразия проверку диска. Проблема может быть запросто в подпорченной файловой системе.