если вы застрянете где угодно, кроме Германии и не выйдите на работу, то вам не обязаны платить зарплату начиная с вашего пропуска , это было всегда. Конечно вам заплатят по договору за другие отработанные дни и отпуск.
Любой карантин уже в Германии это предписание немецких властей, зарплату вы получите фактически из фондов.
Предупреждение работодателя, это личная инициатива и суд при проблемах это не пропустит. Мое мнение. Работодатель не имеет право вмешиваться в ваш отдых.